Cofarma dispone de sede tanto en Bata como en Malabo, al igual que de almacén en ambas localidades. Los almacenes cuentan con todos los medios, tanto humanos como materiales, para el desarrollo de su actividad. Están divididos en función de la naturaleza de los productos para poder cumplir con los requisitos de calidad marcados por la Dirección Técnica de la empresa. La zonas de oficinas están formadas por los departamentos de Dirección General, Dirección Técnica, Administración, Comerciales y Servicios Generales, entre otros.